.

Lima tahun setelah peristiwa film pertama, Jonas Taylor telah terlibat dalam pertempuran kejahatan lingkungan sekaligus membantu Mana One dalam menjelajahi bagian yang lebih dalam dari Palung Mariana di mana Megalodon ditemukan. Setelah kematian Suyin Zhang, Taylor membesarkan putrinya yang masih remaja, Meiying, bersama pamannya dan saudara laki-laki Suyin, Jiuming Zhang, yang telah mengakuisisi perusahaan ayahnya bersama dengan pemodal kaya, Hillary Driscoll. Mana One juga telah mempelajari seekor Meg betina bernama Haiqi, yang ditemukan sebagai anak anjing dan dilatih oleh Jiuming di sebuah cagar alam di Hainan. Baru-baru ini, Haiqi bertingkah tidak menentu, membuat Jonas khawatir meskipun Jiuming sangat antusias.

Jonas dan Jiuming memimpin penjelajahan kapal selam rutin ke Palung, dengan Meiying menyelinap untuk melihat parit untuk pertama kalinya. Rekan-rekan Meg yang selamat, DJ dan Mac, mengamati kelompok tersebut dari Mana One. Dalam perjalanan turun, kapal selam dikejar oleh Haiqi, yang melarikan diri dari penangkaran pada malam sebelumnya; kapal selam menyelam ke bawah melalui termoklin untuk melarikan diri, tetapi Haiqi tetap memaksakan diri untuk menembusnya. Dua ekor Meg yang jauh lebih besar, seekor jantan alfa yang besar dan seekor jantan beta yang sedikit lebih kecil, muncul dan kawin dengan Haiqi. Saat menyusun rencana pelarian, Jonas dan timnya menemukan operasi penambangan ilegal di sebuah stasiun yang dikapteni oleh tentara bayaran Montes, yang memiliki dendam terhadap Jonas atas pemenjaraannya beberapa waktu sebelumnya. Kru Montes disewa oleh Driscoll untuk secara diam-diam menggunakan akses Mana One ke parit untuk pertanian mineral tanah jarang yang bisa menghasilkan miliaran. Montes membunuh krunya dalam sebuah ledakan untuk menutupi kegiatan mereka, yang menyebabkan parit pecah dan mendaratkan kapal Jonas dan Jiuming.

DJ, Mac, dan rekan analis Mana One, Jess, menemukan bahwa kapsul penyelamat telah disabotase, memaksa para kru untuk menggunakan exosuits untuk berjalan menuju stasiun di parit yang dipenuhi makhluk, dengan hanya Jonas, Meiying, Jiuming, dan petugas keamanan Rigas yang selamat dari perjalanan. Jess dan Driscoll mengungkapkan diri mereka sebagai pengkhianat dan berusaha membunuh keempatnya, tetapi keempatnya melarikan diri dari stasiun dengan kapal selam lain setelah berkelahi dengan Montes, yang melarikan diri ke permukaan melalui pelampung. Driscoll mengirim tentara bayaran untuk mengambil alih Mana One sementara Montes muncul ke permukaan dan bertemu dengan Jess. Saat para kru muncul ke permukaan, mereka menemukan celah dari sebelumnya yang mengarah ke beberapa makhluk, termasuk tiga Meg, segerombolan makhluk mirip kadal yang dikenal sebagai Kakap dan gurita raksasa keluar dari parit dan mencapai permukaan.

Kru Jonas bertemu dengan DJ dan Mac, dan Montes memfokuskan tentara bayaran pada kru setelah Jess dimakan oleh Meg. Tim Jonas melarikan diri ke resor terdekat, Fun Island, untuk memperingatkan mereka tentang makhluk yang mendekat. Driscoll, Montes, dan tentara bayaran tiba di Fun Island untuk menghabisi kru Jonas, tetapi mereka malah diserang oleh Snappers, yang membunuh Driscoll dan beberapa tentara bayaran. Kelompok Jonas berpencar untuk mengevakuasi para turis saat Megs dan gurita mulai menyerang. Jonas berhasil membunuh Meg jantan beta dengan menggunakan bahan peledak yang ditempelkan pada tombak sebelum diserang oleh Montes, membuat keduanya berlayar ke pantai. Keduanya bertarung sebelum Jonas menjatuhkan Montes ke dalam mulut Meg alfa untuk dikonsumsi. Jiuming membuat bom dari pupuk dan bersama dengan Mac mengambil alih helikopter Driscoll yang tidak dijaga untuk terbang menuju pantai di mana Meiying berusaha membantu para turis.

Gurita menjatuhkan helikopter dan Jiuming melukainya dengan bomnya, menarik Haiqi, yang terlibat dalam pertempuran dengan Gurita dan kemudian membunuh hewan itu. Saat Jiuming berenang menuju reruntuhan untuk menyelamatkan Mac, Jonas mengambil salah satu rotor helikopter dan menggunakannya untuk menusuk kepala alfa Meg secara fatal. Haiqi menuju ke arah Jonas, Jiuming, dan Mac, namun Jiuming menggunakan sinyal latihannya untuk mengalihkan perhatiannya. Haiqi mengalihkan perhatiannya ke kawanan lumba-lumba yang sedang berenang. Dalam perjalanan menuju pantai, Jiuming beralasan bahwa Haiqi kabur dari penangkaran karena saat itu adalah musim kawin, dan mendiskusikan kemungkinan Haiqi hamil. Jonas memutuskan bahwa lebih baik tidak memikirkan hal itu, dan kelompok tersebut merayakan kelangsungan hidup mereka.